mardi, 22 mars 2022
En suivant la piste de l’ARN (un billet en trois actes)
Suivons aujourd’hui la piste de l’acide ribonucléique ou ARN (en commentant notre quête de quelques petites parenthèses…). Elle nous mènera de l’école secondaire aux profondeurs des océans où nous croiserons la pieuvre, le plus intelligent des mollusques. Nous verrons que son intelligence dépend peut-être d’un certain type d’ARN. Puis nous ferons une association libre qui nous amènera à parler des vaccins à ARN contre la Covid. Et finalement des compagnies pharmaceutiques qui les produisent.
Nos cours de biologie du secondaire nous ont donc appris que l’ADN, ou acide désoxyribonucléique, était cette longue molécule en forme de double hélice située dans le noyau de nos cellules. La succession de ses bases nucléiques définit ce qu’on appelle nos gènes, c’est-à-dire l’information nécessaire pour produire nos différentes protéines, les macromolécules qui font plein de choses dans ou à l’extérieur de nos cellules (enzymes, récepteurs, anticorps, etc.). Or l’ADN ne pouvant sortir du noyau, et les protéines étant produites à l’extérieur du noyau dans le cytoplasme de la cellule, on avait un problème pour y acheminer l’information…
C’était sans compter sur le héros de notre histoire d’aujourd’hui, l’ARN qui est ni plus ni moins qu’une copie de sections de notre ADN. Car l’ARN, lui, peut sortir du noyau. D’où son nom d’ARN messager, ou ARNm, parce qu’il porte le message, ou l’information, nécessaire à nos ribosomes pour construire les protéines correspondantes (c’est de ce mécanisme que les vaccins à ARN vont prendre parti, voir plus loin dans ce billet…). Fin du rappelle du cours du secondaire, qui sera suffisant pour le propos d’aujourd’hui (même si à l’école on présente encore ce mécanisme de transcription ADN – ARNm, puis de traduction ARNm – protéine comme un processus linéaire en minimisant tous les enzymes, donc des protéines, qui doivent se fixer sur l’ADN pour lui permettre d’être transcrit en ARNm, en faisant ainsi un processus non pas linéaire comme la simplification pédagogique le laisse croire, mais un processus intrinsèquement circulaire, où les gènes sur l’ADN ne sont pas les « plans » à partir desquels tout part, mais de simples composants, particulièrement stables il faut le dire, mais faisant partie d’un métabolisme dont l’essence est la causalité circulaire propre aux systèmes complexes dynamiques. Ouf ! Mais bon, qu’on passe ainsi à côté de l’essentiel, c’est une autre histoire…).
Entre maintenant en scène la pieuvre par l’entremise d’une nouvelle que j’ai vu passer il y quelques jours sur le site IFL Science où des journalistes scientifiques résument à chaque jour quelques études qui ont retenu leur attention. Et vendredi, c’était la journaliste Maddy Chapman, une « Junior Copy Editor and Staff Writer », qui a gradué en biochimie à l’université de York, qui présentait les travaux de Grygoriy Zolotarov et son équipe (je donne ces détails sur la journaliste pour rappeler que ce sont toujours des personnes particulières qui écrivent, avec leur bagage propre, leur compréhension des choses, etc. Voir la 2e partie de ce billet sur les fact-checkers).
Ceux-ci viennent de réaliser une étude intitulée MicroRNAs are deeply linked to the emergence of the complex octopus brain. Elle prend bien soin de préciser que l’étude en question est actuellement sur le site bioRxiv en « preprint », c’est-à-dire qu’il n’a pas été encore revu par des pairs, d’autres chercheurs qui vont le commenter et permettre aux auteurs de l’améliorer avant sa publication officielle dans une revue spécialisée (ou dans certains cas ne vont pas en recommander la publication s’ils trouvent des fautes graves, dans la méthodologie par exemple, qui remet les conclusions de l’étude en question. Cela dit, les preprints sont généralement suffisamment aboutis pour que des journalistes et d’autres chercheurs commencent à en parler, ce qui est le but de l’affaire : éviter les longs mois de délai avant la sortie de la publication peer-reviewed. Autre référence aux fact-checkers qui discréditent parfois a priori un preprint, plutôt que le mentionner comme tel, simplement).
En quelques paragraphes, la journaliste résume bien l’étude que j’ai été lire aussi, me perdant cependant dans les techniques employées (n’étant pas biologiste moléculaire mais neurobiologiste de formation qui lit cependant des études scientifiques sur une base hebdomadaire depuis 20 ans dans les différentes disciplines des sciences cognitives (exemple d’endroit d’où moi je parle, par exemple)). Mais pour l’essentiel, le retournement de situation exposé dans l’article de Zolotarov et ses collègues est bien rendu par la journaliste. Car les auteurs de l’étude ont d’abord suivi la piste de l’édition de l’ARNm (ou épissage), c’est-à-dire qu’on a comparé l’importance des modifications (coupures et ligatures) que peut subir l’ARNm avant de sortir du noyau qui est un indice de la complexité des protéines qui seront ensuite produites. Et il n’y avait pas vraiment de différence entre les pieuvres et les autres mollusques à ce niveau, donc rien qui puisse expliquer ses capacités cognitives supérieures.
Par contre (et c’est intéressant de voir que ce n’est pas toujours l’hypothèse principale qui s’avère juste), ce sont plutôt de tous petits bouts d’ARN, qu’on appelle les microARN, ou miARN, qui ont subi une expansion massive chez la pieuvre comparé aux autres mollusques. De plus, ces nombreux nouveaux miARN étaient surtout exprimés dans les tissus neuronaux (ils ont regardé dans 18 tissus cellulaires différents chez la pieuvre) et durant le développement des jeunes. Or, et c’est là tout l’intérêt de la découverte, la seule expansion comparable des miARN est survenue chez les vertébrés, c’est-à-dire chez les animaux dotés d’une colonne vertébrale, avec une moelle épinière qui subit une forte céphalisation, des poissons aux primates. Et c’est donc ce qui amène les auteurs à formuler l’hypothèse que la quantité de miARN est intimement liée à l’évolution des cerveaux complexe chez les animaux (étant donné que la pieuvre, seul mollusque à atteindre des niveaux de cognition comparables aux vertébrés, est justement aussi le seul mollusque qui a des niveaux élevés de miARN).
Une conclusion formulée prudemment, comme il se doit en science, car il s’agit sans doute que d’une petite pièce d’un puzzle dont la complexité est probablement hors de notre portée (remarquez les précautions d’usage dans la dernière phrase de l’article : « it remains to be seen », « may indicate », « perhaps », « possibly required ») :
« Although it remains to be seen whether these types of pathways operate in coleoids, the striking explosion of the miRNA gene repertoire in coleoid cephalopods may indicate that miRNAs and, perhaps, their specialized neuronal functions, are indeed deeply linked and possibly required for the emergence of complex brains in animals.”
* * *
Une chose qui me préoccupe depuis un certain temps, c’est qu’on ne retrouve pas toujours la même prudence du côté d’un type de journalisme qui s’est répandu un peu partout sur la planète depuis un certain nombre d’années maintenant. Entre donc maintenant en scène sur un roulement de tambour solennel (faut bien s’amuser un peu…) ce qu’on appelle en anglais le « fact-checker ». J’en ai parlé dans mon billet du 14 février dernier intitulé « Qui « fact check » les « fact chekers » ? » en donnant un exemple à partir d’une compagnie de fact-cherkers payée par Facebook.
Bien sûr, je ne remets pas en question les principes de vérification de l’information et de recoupement des sources, qui sont la base du journalisme, scientifique ou non. Et pour des choses factuelles et simples (untel a-t-il dit ceci ou cela, telle compagnie a-t-elle fait tant de profit ou licencié tant d’employé.es ?), on peut souvent en arriver à qualifier de vraie ou de fausse telle ou telle information (et avec toutes les niaiseries qui circulent sur Internet, c’est pas les épouvantails et les hommes de pailles à pourfendre qui manquent, mais ce travail de base, bien que nécessaire, est-il le plus important ? Voir à ce sujet mon dernier point ci-dessous sur les compagnies pharmaceutiques).
Ce qui me préoccupe, donc, c’est surtout la prétention du fact-checking qui semble investi d’une mission qui doit absolument en arriver avec un verdict final, celui du Vrai ou du Faux. Surtout dans les sciences de la vie où tout est si complexe. Car comme on vient de la voir avec l’exemple ci-haut sur les miARN et la pieuvre, la moindre étude scientifique amène inévitablement à de nouvelles questions non résolues et appelle à toujours plus d’humilité. Difficile dans ces conditions de voir arriver le fact-checker (dont on ne connais pas toujours l’identité, donc la formation ou « l’endroit d’où il ou elle parle ») avec ses gros sabots du Vrai ou du Faux, même lorsqu’il tente un plus nuancé « non démontré » ou « non prouvé » (alors même qu’une démonstration sous-entendue ici finale ou une preuve est souvent très difficile à faire en dehors des mathématiques parce que toute la science n’est affaire que de la meilleure théorie ou de la meilleure hypothèse du moment, qui fait parfois largement consensus, mais la plupart du temps non).
D’où ma préoccupation que derrière les bonnes intentions de débattre d’une idée ou d’une affirmation quelconque, certains articles de fact-checking (pas tous !) abusent de cette espèce de position de pourfendeur du Vrai et du Faux pour miner, d’une certaine façon, l’idée même du débat scientifique, le cœur de la science. C’est-à-dire en gros des gens qui s’engueulent en permanence pour avoir raison mais qui doivent, contrairement aux chroniqueurs d’opinion, baser leurs affirmations sur des données scientifiques accessibles à tous (et sur des protocoles réplicables si les données mêmes sont remises en cause). Et c’est cela que l’on devrait constamment essayer de mettre en avant en tant que journaliste scientifique, il me semble.
Dans le contexte de la pandémie, le zèle, voir l’acharnement, avec lequel certains articles de fact-checking pourfendaient tout ce qui s’éloignait un tant soit peu du discours officiel de la stratégie vaccinale mur à mur (les vaccins de Pfizer et de Moderna, les deux plus utilisé au Canada, étant des vaccins à ARN messager, on continue de suivre notre fil…), sans aucune nuance envers la grande variabilité des risques associés à la Covid pour différentes personnes versus les risques associés aux vaccins (et à l’encontre du principe même à la base de la médecine, celui du consentement éclairé), me semble pour le moins problématique. Et assorti de conséquences potentiellement très graves (je pense par exemple ici aux difficultés non seulement de faire approuver des médicaments repositionnés et des molécules non brevetables comme les vitamines pour le traitement de la Covid, alors qu’un nombre impressionnant d’études pointent vers leurs effets bénéfiques, et alors que certains articles de fact-checking y allaient de conclusions négatives sans appel pour ces molécules souvent peu dispendieuse et quasi dénuées d’effets secondaires. Alors, donc, qu’il y avait si peu à perdre à les essayer. À moins peut-être de parler d’argent… (et ce sera le point de la dernière partie de ce billet déjà trop long !).
* * *
Des vaccins à ARNm, on va conclure en élargissant le sujet à carrément toute la médecine telle qu’elle est pratiquée aujourd’hui, rien de moins ! Et l’on va repartir de mon billet de blogue du 31 janvier dernier, où je signalais un éditorial récent du British Medical Journal (BMJ) dans lequel la prestigieuse revue scientifique y allait d’un plaidoyer exigeant des Pharma comme Pfizer et Moderna qu’elle rendent accessibles toutes les données de leurs essais cliniques maintenant, et pas dans des années comme elles le promettent. Cet éditorial commençait en faisant allusion à la saga du Tamiflu quand, il y a une décennie, les gouvernements avaient acheté pour des milliards de dollars cet antiviral contre l’influenza et pour lequel il n’a jamais été démontré qu’il réduisait les risques de complications, d’hospitalisations ou de décès.
Or dans la même veine et toujours dans BMJ du 16 mars dernier cette fois, Jon Jureidini et Leemon B. McHenry, les deux auteurs du livre « The Illusion of Evidence-Based Medicine: Exposing the Crisis of Credibility in Clinical Research » écrivent un article d’opinion où ils critiquent sévèrement le système de production du savoir biomédical actuel. Des documents de l’industrie pharmaceutique rendus publics récemment (et cités dans l’article) montrent à quel point les essais cliniques menés par l’industrie sont dénaturés (« misrepresented »). L’intérêt financier de ces compagnies pharmaceutiques alimenté par la soif de rentabilité et de profits pour les actionnaire va à l’encontre du bien commun. Il va aussi à l’encontre d’une science intègre où l’on ne devrait jamais donner à ces compagnies un « chèque en blanc » pour faire ces essais cliniques. On est quand même en présence de compagnies qui évaluent leurs propres produits, c’est fou quand on s’arrête à y penser. On devrait donc au contraire prendre très au sérieux tout résultat indépendant qui va dans d’autres directions. Hélas, c’est rarement ce qui se passe.
Ce sont en plus ces mêmes entreprises multimilliardaires qui vont influencer grandement la formation continue des médecins. Comme dans d’autres domaines, les auteurs notent une transformation des directions des universités où des opinions médicales favorables à l’industrie (ici, pharmaceutique) deviennent des vérités incontestables (par exemple sur l’administration de vaccins aux populations n’en ayant pas besoin, ce qui nous ramène à notre fil d’Ariane d’aujourd’hui, l’ARN !). Cela soulève enfin la perte de souveraineté des médecins en raison de cette hégémonie, un autre « dommage collatéral » accentué par la pandémie dont on n’a pas beaucoup entendu parlé.
Bref, ce ne sont pas les enjeux fondamentaux qui manquent du point de vue du journalisme scientifique ou d’enquête si l’on est prêt à remettre un tant soit peu en question le système dans lequel tout ça fleurit : le capitalisme, qui ne fait pas de discrimination et détruit autant notre planète que notre santé. Et ça, d’accord, je suis prêt à dire que c’est « plutôt vrai »…
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